No histórico de situações na aba histórico de lotação considera-se a data do último dia do mês anterior a prestação de contas?

Não, na carga inicial, considera-se a última data de lotação ocorrida até o último dia do mês anterior a prestação de contas (31/08/2016).

A partir da "carga inicial" devem-se registrar todas as mudanças de lotação que vierem a ocorrer.