As autarquias municipais e outras entidades da Administração Pública Indireta comporão o IEGM/TCESP de alguma forma? Elas devem também preencher o questionário?

Não. O questionário do IEGM/TCESP deve ser respondido exclusivamente pelas Prefeituras Municipais, uma vez que seu planejamento deve abranger também o das entidades da Administração Pública Indireta.