O envio dos arquivos XMLs referentes aos Agentes Políticos (Remuneração, Fixação e Concessão) podem ser enviados pela prefeitura contendo todos os cargos? Ou cada entidade deverá enviar o arquivo contendo os cargos relacionados a ela? Ex.: Prefeitura: Prefeito, Vice-Prefeito, Secretário Municipal | Câmara - Presidente, Vereador etc.

Cada entidade deverá enviar no arquivo XML apenas os cargos a ela relacionados, conforme o seu exemplo.
Arquivos contendo cargos não relacionados ao tipo de entidade serão rejeitados conforme as regras de validação (ver itens 3.3.1, 4.3.1 e 5.3.2 do documento Regras Validação - Contas Anuais).