Se o prazo de entrega ainda não estiver encerrado, a entidade poderá enviar um novo documento normalmente em substituição a esse (novo arquivo XML), independentemente de o documento estar validado ou rejeitado, ou, em caso de documento validado, alterar os dados via interação direta se a opção estiver disponível (consulte os documentos que permitem Prestação via interação direta).

Caso o prazo de entrega esteja encerrado e o documento já esteja armazenado, no caso de Contas Anuais, especificamente, o mesmo não precisa ser excluído, e pode ser substituído por um novo mediante autorização de substituição incluída pela Área de Fiscalização. Nesse caso, deve-se fazer a solicitação diretamente à UR/DF que fiscaliza o município. A única exceção é o documento "Atualização do Cadastro Geral de Entidades", que pode ser prestado uma única vez, sem possibilidade de substituição, uma vez que o cadastro está disponível para atualização durante todo o ano. O documento é uma declaração de que o cadastro está atualizado na data de prestação. No caso dos documentos "Conciliações Bancárias" e "Remuneração de Agentes Políticos", pode-se enviar um documento do tipo complemento com as informações faltantes.