Para o envio por exemplo, da Tabela Auxiliar Código de Aplicação, deverá ser encaminhado sempre a Tabela Completa ou somente os dados referentes ao período processado ?

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Resposta: No que se refere a cadastros, devem ser informados apenas os registros novos ou alterados.
Seguindo o exemplo citado na pergunta, uma vez informado um código de aplicação, o mesmo não deve ser informado novamente. Ou seja, o cadastro não está necessariamente associado ao período processado.