O xml loa-inicial requer o código de aplicação e na elaboração do orçamento não era necessário colocar o código de aplicação que será usado só na execução o que devo informar neste xml em código de aplicação?

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Resposta:
Os schemas relativos a LOA permitem sim código de aplicação igual a zero.
E para atualizar esses schemas no coletor, é só clicar no menu Transmitir (Veja a seção "Notas importantes"na ajuda do coletor aqui transcrita: "Recomendamos que você simule uma transmissão sempre antes de criar pacotes para que o aplicativo seja atualizado automaticamente com eventuais alterações como novo Tipos de Pacotes, Tipos de Documentos, esquemas XSD, etc.")